Die Kirche Höngg gehört zu den ältesten in der Gegend und wurde vermutlich nach dem Jahr 700 gegründet. Sie war eine Eigenkirche, d.h. eine von einem Grundeigentümer auf eigenem Land und eigene Kosten erbaute Kirche. 870 wurde die Kirche Höngg an das Kloster St. Gallen übertragen, 1359 an das Kloster Wettingen, das bis ins 19. Jahrhundert Rechte an der Kirche behielt.
Die Kirche in ihrer heutigen Form ist der fünfte Bau seit der ersten urkundlichen Erwähnung. War das ursprüngliche Kirchlein mit ca. 5 mal 9.5 Metern relativ klein, wurden ums Jahr 1000 neue Mauern und ein Chor aufgebaut. Der Chor war innen halbrund, aussen viereckig. Danach wurden die älteren Mauern abgerissen. Aus dieser Zeit stammt noch ein Teil der Südwand mit dem angedeuteten Rundbogenfenster.
Im alten Zürichkrieg (1443) wurde die Kirche teilweise zerstört. Ab 1446 wurde sie wieder aufgebaut und dabei nochmals nach Westen hin verlängert. Durch die Verbreiterung nach Norden im Jahre 1703 kam nicht nur eine neue Empore hinzu, der Eingang und der Chorbogen sind seither nicht mehr in der Mitte gelegen.
Die Glocken
Die vier Glocken der Höngger Kirche sind weitherum hörbar. Sie sind in C-Dur gestimmt. Die grösste Glocke, die C-Glocke, schlägt die Stunde und wiegt 2777 kg. Zusätzlich wird sie um elf Uhr geläutet. Die Kleinste, ebenfalls eine C-Glocke, wiegt 335 kg und ertönt jeweils um 16.00 Uhr. Alle Glocken zusammen rufen zum Gottesdienst. Am Samstagabend läuten sie den Sonntag ein.
Die Orgel
In der Höngger Kirche gab es als typisch reformiertem Gotteshaus bis gegen Ende des 19. Jahrhunderts keine Orgel. Ein Vorsänger, oft war dies der Dorflehrer, stimmte die Lieder an. Ab 1868 wurde ein Harmonium gemietet. Am 2. Januar 1898 wurde die erste Höngger Orgel eingeweiht.
Während der 20er-Jahre des 20. Jahrhunderts wurde die Orgel umgebaut und erweitert. Sie besass über 17 Register und 1104 Pfeifen. Die umgebaute Orgel verfügte auch über einen Elektromotor, der für die nötige Lufterzeugung sorgte. Zuvor musste ein Mann oder ein kräftiger Bursche für zwei Franken pro Dienst den Blasebalg treten.
Am 21. März 1965 versagte die Orgel mitten im Gottesdienst wegen Holzwurmbefalls ihren Dienst. Sie konnte wieder soweit instand gestellt werden, dass sie bis zum Einbau der neuen Orgel im Jahre 1972 spielbar war.